《聯(lián)合國海洋法公約》特別強調(diào)保護和保全海洋環(huán)境的重要性。《公約》第十二部分完全是有關(guān)海洋環(huán)境保護問題。在國際海底方面，《公約》第十一部分確定了國際海底管理局在這一區(qū)域內(nèi)的職能，其中有19處提到環(huán)境。

管理局成立以來，一直將環(huán)境保護作為其主要優(yōu)先事項之一。迄今管理局共舉辦的7次研討會中，4次是關(guān)于深海底環(huán)境問題。第1次研討會討論制定多金屬結(jié)核勘探的環(huán)境指南；第4次研討會有關(guān)環(huán)境數(shù)據(jù)與資料標準化問題；第5次研討會有關(guān)深海環(huán)境研究的國際合作；第7次研討會討論制定海底多金屬硫化物和富鈷結(jié)殼勘探的環(huán)境指南。

管理局處理的多金屬結(jié)核勘探方面的三個實際環(huán)境保護問題是：海底勘探活動可能造成何種程度的環(huán)境影響；使用哪些基線來測量人類活動前的環(huán)境狀況，以及應如何監(jiān)測其后發(fā)生的變化；對有關(guān)的自然過程和人源（人類引起）過程進行何種研究。迄今為止，注意力主要放在勘探活動上，因為結(jié)核礦床的實際開采很可能要在幾十年之后。盡管如此，有關(guān)研討會也預測了采礦活動可能造成的影響，期望工程人員在設計采礦系統(tǒng)時會盡力查明和減少這些影響。

管理局通過制訂規(guī)章建立深海環(huán)境保護的法律體系，并正在通過研討會等方式積極推進深海底環(huán)境方面的國際合作研究。